Tất cả các biến thể của Marder III đều phục vụ trên nhiều mặt trận trong đó Sd.Kfz. 139 được dùng chủ yếu mặt trận phía đông, mặc dù cũng có tham gia chiến sự tại Tunisia.Đến tận tháng 2 năm 1945, vẫn còn đến 350 chiếc mẫu M đang hoạt động.

Marder III phục vụ Panzerjäger Abteilungen của sư đoàn Panzer của cả Wehrmacht và Waffen SS, cũng như lực lượng-giống như sư đoàn Hermann Göring.

Marder III có độ linh động cao giống như các loại phương tiện chiến tranh được lắp ráp trên thân tăng Czechoslovak 38t.Hỏa lực của nó đủ mạnh để tiêu diệt phần lớn tăng Liên Xô ở tầm bắn thích hợp.

Điểm yếu của Marder III chủ yếu liên quan đến khả năng sống sót của nó, thiết kế mở cộng với hình dáng cao, giáp bọc mỏng khiến cho nó dễ bị tiêu diệt bởi đạn pháo bắn trực tiếp.Ngoài ra giáp bọc mỏng còn khiến Marder III dễ bị tiêu diệt bởi xe tăng đối phương và đạn súng máy khi ở gần.

Marder III không phải thuộc dạng pháo tự hành chống tăng xung kích như Jagdpanther, Jagdtiger nên chúng chỉ thực hiện vai trò phòng thủ hay canh gác.Mặc dù Marder III có tính linh động cao, chúng vẫn không thay thế được pháo chống tăng kéo tờ.

Vào tháng 3 năm 1942, trước khi Marder III xuất hiện, quân đội Đức đã sở hữu pháo tự hành chống tăng StuG III và đã đưa vào sản xuất.StuG III được bọc giáp kỹ càng nên được sản xuất với số lượng lớn hơn Marder III.Mặc dù có nhiều pháo tự hành xung kích nhưng quân đội Đức vẫn sản xuất Hetzer dựa trên khung tăng Panzer 38(t) từ năm 1944.Giáp bọc yếu và dễ bị tiêu diệt nên dòng Marder III đã bị ngưng sản xuất nhưng chúng vẫn phục vụ đến tận cuối cuộc chiến.